La microstation est elle aussi une cuve comme le filtre compact comprenant à la fois le traitement primaire et le traitement secondaire. La sortie des eaux se fait quand à elle en partie haute et elle a besoin d’électricité et de matière organique en permanence pour fonctionner. Ce système n’est donc pas adapté pour les maisons secondaires. L’évacuation des eaux se fait dans un lit d’infiltration tout comme le filtre compact et la phytoépuration.